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占领重庆之后，高峻山还是按照占领一座城市管理一座城市的既定方针，对重庆进行了深度接管。
首先是抚民，任何一支军队，打下一座城池之后，抚民是必须要做的事情，高峻山当然不会忽视。他除了自己能够获得大米之外，还抄了十户罪大恶极的大财主的家，照例是财产充为军资，粮食分给民众，让大家有个饱饭吃，这样动乱的局面很快就能稳定下来。
为了加快城市接收管理的进程，把明廷的官员接收进来共同管理，这样就会事半功倍，也是一种招揽人才的手段。
争取到邵捷春过来，对于整个四川的稳定都产生了很大的影响，这是在今后现实当中所证明的。
高峻山进城的第一天就接见了邵捷春，邵捷春对高峻山这位救过他性命的贵人很是感激，更重要的是，人一旦有了求生的希望的时候，他就会紧紧地抓住这个救命的稻草不放。
高峻山依旧让邵捷春行使四川巡抚的职责，邵捷春当然很乐意接受，他在四川是很得民心的，他为官清廉、严谨，治理四川实施了惠民政策。他被杨嗣昌抓起来的时候，哭送他的队伍填塞了街道，就连江中的行船都无法开动，人们都争着跟在典狱官的旗帜后边，为他鸣冤叫屈。
邵捷春这个巡抚是没有军权的，他的任务就是治理好地方，当然也不是他一个人说了算，高峻山带来的一百崇文弟子不是吃干饭的。
重庆的局势稍微稳固之后，高峻山派出白文选、袁韬取广安、南充；马元利、胡九思取内江，为下一步攻打成a都开辟道路。
占了重庆之后，后勤司的运输队可就有得忙了，高峻山在重庆招募了一批人，充实到后勤司的运输队中去，这样大大地加快了运输队的工作效率。
为了确保重庆的安全，高峻山派窦名望驻守江津；李虎驻守璧山；李德容驻守长寿。
这时高峻山入川的兵力已经发展到了二十三万，这可忙坏了高峻山的督导队，他又从襄阳调来三百名督导，以补充到新发展的军队中去。
这一下，崇文书院的弟子就更忙了，除了在书院读书的，已经毕业的弟子们一个人恨不得分成两半来用，好在现在读书的弟子们已经是成几何级数在增加，由于书院的名气已经在外，数省的莘莘学子都云集到了崇文书院。
毕竟读书人更加有理想、更加的向往光明、更加的渴望知识。
占领重庆之后，万元吉、周遇吉、猛如虎、刘士杰、马智、陈可立、方国安、王之纶、岳宗文、谭泓、涂原、张一鹤、刘宗祥、夏时亨、刘振缨、覃思岱、陆逊之、曹志耀、王光啓、张世福等近百名明廷的文武官员投降了高峻山，所收兵马五万余人。
高峻山把明廷投降过来的兵马打散，分派到他麾下的七个旅，文官留下在衙门内供职，武将组织他们去襄阳参观学习，要他们加深了解高峻山的义军打仗的宗旨。
至此，
白文选旅拥兵二万二千人；马元利旅拥兵二万二千人；张化龙旅拥兵一万八千人；王尚礼旅拥兵一万八千人；王自奇旅拥兵一万八千人；袁韬旅拥兵一万六千人；胡九思旅拥兵一万六千人。
高峻山中军十万人马。
他一面派兵肃清重庆附近的明军，一面整顿军队，一面等待后勤司的运输队，重庆衙门全权交给文官们去管理，又有崇文弟子参与其中，高峻山十分放心。
